《本土：反恐困境》通过来自反恐斗争前线人员的亲身经历，探讨了当今美国本土伊斯兰极端主义的现实威胁和潜在威胁。这些人员包括：被定罪恐怖分子的家属、试图劝说年轻人不要信奉极端主义的人们、在社区中面临恐惧和怀疑的美国穆斯林、恐怖袭击的受害者，以及处理本土恐怖主义案件的专家和检察官的见解。影片提出了一些问题：为什么美国公民会加入ISIS？ISIS的威胁有多大？美国反恐机构在打击本土恐怖主义方面的努力有多有效？这些努力带来了哪些意想不到的后果？此外，为了追捕我们身边已有的和新生的极端分子，我们牺牲了哪些自由和价值观？
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